色谱分离的原理是基于不同物质在由固定相和流动相构成的体系中，具有不同的分配系数或亲和力而进行分离。在色谱柱分离过程中，流动相携带待分离物质通过固定相时，由于样品中各组分在性质和结构上的差异，它们与固定相之间的作用力大小不同，经历多次分配平衡过程而达到分离的目的，形成流出曲线。
单柱间歇色谱：
最早可以追溯到1903年，俄国植物学家Tswett，他采用填充有固体CaCO3细粒子的玻璃柱,将植物色素的混合物(叶绿素和叶黄素)加于柱顶端，然后以溶剂淋洗，结果发现这两种色素在柱中呈现除了不同的色带，便称之为色谱。
模拟移动床连续色谱： 模拟移动床技术就是一种典型的连续色谱技术，它是在20世纪1950年代后期提出的，1960年代初由美国的UOP公司使之商业化并创建了SMB工艺，从此之后SMB作为一种工业制备技术取得了长足的发展。SMB早期主要应用在大型石化工业和制糖工业上，近年来SMB被大量应用于淀粉糖、生物化工、精细化学口及医药产品的分离。
在工业生物技术领域，根据不同产品分离难度不同，通常可设计为：4柱色谱、6柱色谱、8柱色谱，采用的固定相通常为聚合物离子交换树脂。 为了保持树脂清洗时生产过程的连续性，相应色谱的运行模式可设计为：N-1（3+1、5+1、7+1）与N+1（4+1、6+1、8+1）模式。
分离机理:
在工业生物技术领域，主要的分理机理及典型的应用为以下五种：
分子筛效应: 低聚糖之间的分离、葡萄糖与麦芽糖的分离
亲和力差异: 木糖与阿拉伯糖，葡萄糖与果糖的分离、山梨醇与甘露醇的分离
离子排斥: 氨基酸脱盐、木糖脱盐、甜菜糖蜜分离
酸阻滞效应: 柠檬酸与乳酸、丁二酸的分离、无机酸与盐的分离等
疏水性差异：不同氨基酸之间的分离
工业应用领域：
氨基酸：
苏氨酸、缬氨酸、亮氨酸/异亮氨酸、色氨酸、谷氨酰胺、丙氨酸…
有机酸:
柠檬酸、乳酸、丁二酸、衣糠酸…
淀粉糖及糖醇:
葡萄糖、果糖、阿洛酮糖、麦芽糖醇、山梨醇、甘露醇…
功能性食品:
低聚果糖、低聚半乳糖、海藻糖、木糖、异麦芽酮糖、菊粉…
其它领域:
维生素C、1,3丙二醇、甜菜碱…